Kính hiển vi điện tử quét là một loại kính hiển vi điện tử có thể tạo ra ảnh với độ phân giải cao của bề mặt mẫu vật bằng cách sử dụng một chùm điện tử (chùm các electron) hẹp quét trên bề mặt mẫu. Việc tạo ra ảnh của mẫu vật được thực hiện thông qua việc ghi nhận và phân tích các bức xạ phát ra từ tương tác của chùm điện tử với bề mặt mẫu vật. Trung tâm Công nghệ Việt Đức đã được trang bị thiết bị Kính hiển vi điện tử quét của hãng JEOL, Nhật Bản và bắt đầu nhận phân tích dịch vụ từ năm 2018. Đến nay, Trung tâm đã nhận phân tích rất nhiều mẫu thuộc các lĩnh vực khác nhau như Hóa vô cơ, Khoa học vật liệu, Kĩ thuật môi trường, Sinh học, Thực phẩm,..ở cả trong đơn vị trường và các Trường đại học tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Mặc dù không thể có độ phân giải tốt như Kính hiển vi điện tử truyền qua (TEM) nhưng Kính hiển vi điện tử quét lại có điểm mạnh là phân tích mà không cần phá hủy mẫu vật và có thể hoạt động ở điều kiện chân không thấp. Một điều khác là giá thành phân tích của SEM thấp hơn rất nhiều so với TEM nên SEM phổ biến hơn rất nhiều và được sử dụng rộng rãi trong các hoạt động nghiên cứu khoa học.

Bên cạnh việc có thể quan sát những đặc trưng về hình thái bề mặt của mẫu vật, thiết bị Kính hiển vi điện tử quét còn được tích hợp phép phân tích phổ tán sắc năng lượng tia X ( Energy Dispersive X-ray Spectroscopy – EDXS). Tương tác giữa điện tử với bề mặt vật chất có thể sinh ra các phổ tia X có năng lượng hoặc bước sóng đặc trưng cho từng nguyên tố, rất hữu ích cho phân tích thành phần hóa học của vật liệu.

Ngoài ra, kết quả Mapping của phương pháp Kính hiển vi điện tử quét thể hiện được rõ sự phân bố của các nguyên tố đặc trưng trên bề mặt của vật liệu. Điều này rất hữu ích trong lĩnh vực nghiên cứu vật liệu và thông qua nó có thể dự đoán cũng như đánh giá được thuộc tính, chức năng của vật liệu.